Zásadním krokem v tvorbě vlastního jádra je jeho konfigurace. To je vlastně hlavní důvod existence této wiki - poskytnutí popisu jednotlivých voleb nastavení jádra.
Převážná část spočívá ve výběru, co v jádře bude nebo nebude zahrnuto. U některých funkcí si lze vybrat, jestli budou do jádra zakompilovány přímo, nebo jako modul, jenž se načte dle potřeby za běhu.
Konfiguraci následuje kompilace.
Nastavení je uloženo v souboru .config v adresáři s rozbaleným jádrem. Protože jeho ruční upravování by vyžadovalo pravý geekovský zápal, existuje několik konfiguračních nástrojů, které se spouští pomocí příkazu make v adresáři s rozbalenými zdrojovými kódy jádra:
make menuconfig spustí nástroj v textovém režimu, využívající knihovny ncurses. Poskytuje poměrně pohodlné menu a nápovědu. Ovládá se klávesnicí.make config je řešení, které vám klade otázky na příkazovém řádku.